恐怖分子在教堂传播病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。 同样的厄运也即将降临到日本。 日本警察厅已做好准备，已邀请 18 岁天才黑客高木藤丸（三浦春马 饰）帮忙介入。 藤丸的父亲也是一名警察。 他原本负责此案，但后来因参与过失杀人事件而被通缉。 恐怖组织的织原真夜（吉濑美智子 饰）进入藤丸的高中担任生物老师，监视藤丸。 为了保护妹妹小遥的生命，藤丸无奈，只好同意恐怖组织的要求，盗取电厂管理员的密码并交给对方。 在百货公司里，致命的Bloody-X病毒的嫌疑被小丑传播开来。 警视厅调动全部人力拯救东京市，几乎杀死了东京市的所有人。 幸好藤丸及时发现病毒是假的，虚惊一场。 但当众人暂时放松下来的时候，恐怖组织却已经迈出了真正的第一步。 血腥星期一是所有死者所说的最后一句话，也是最大的秘密和阴谋。