白子成功渡过地表入侵、山地基因危机、阿黎情报危机和天空辐射危机五年后，天人和小河达带领地表人回到了地面。 在重建家园时，他意外发现美国国防战前建立的海底智能基地因备用电源中断而浮出水面。 经过探索，发现基地内已无人生还。 搭建好供电设备后，天人就进入了海底基地的控制系统。 原来，这是冷战时期开发的太空战基地。 为了安全和保密，它建在海底。 海底基地可以访问仍在运行的军用卫星。 意外发现美国秘密与宇宙中的神圣文明取得联系。 神明文明的外交舰队一百年前就出发了，如今已经进入了银河边缘。 神级文明发现地球文明已不复存在。 与此同时，空间站备份的ARI系统误判了神圣文明的意图，希望他们能够帮助人类重建家园。 然而，神圣文明已经开始了殖民地球的计划。 外交舰队的使命是消灭地球上残存的文明，建立新的秩序。 天上人和地表人将如何利用地球逆行文明打败宇宙诸神，将是本季的看点。 基本剧情设定是，神级文明也是一种与人类外貌相似的碳基生物。 它的武器也是基于量子力学开发的，但比人类过去的技术胜利还要先进。 神级文明与地球文明发现对方后，他们觉得地球文明的科技是爆炸性的，到了地球后可能无法维持科技进步。 但出于对未知世界的好奇，他们派出了两艘星舰和一万名神武者外交舰队。