白莲教信徒接受满清大臣纳兰元舒（甄子丹饰）对付革命派的命令后，在广州街头打出“拥清灭洋”的口号，扰乱外国使馆、教堂。 等网站，就连小学生也不放过，他们的举动让黄飞鸿（李连杰饰）、十三姨（关之琳饰）和梁宽（莫少聪饰）极为愤怒。 在一次医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林饰）一拍即合。 当他发现革命党人更有救国远见时，他决定帮助革命党摆脱厄运。 随后，他直奔白莲教总坛击败九宫真人，揭开了迷信的幻象。 因为国运已尽，民智已尽，他不惜与纳兰元树决一死战。