某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到一瓶神秘液体，带回家并放入冰箱。 没想到，水（楢桥美纪 配音）和浩（藤原启二 配音）无意中喝了它，第二天就变成了动物。 后来，神秘环保组织SKBE绑架了小新一家，头目竟然是双叶市长四泉庄（山寺光一 配音）。 原来，司善寿是一名激进的环保主义者，他试图用一种神秘药物将所有破坏环境的人类变成动物。 小新捡到的神秘液体是一种还处于测试阶段的药物。 山手准备以梅瑶和光智为实验对象进行研究。 在神秘女子维多利亚（后藤弥子 配音）的帮助下，小新一行人成功逃脱。 他们与春日部防卫队一起，决心破解斯仙庄的计划。