21世纪初，由于全球变暖的影响，人类失去了大部分土地。 这时，世界各地突然出现了一群装备神秘超级武器的被称为“迷雾舰队”的战舰。 面对他们束手无策的人类失去了对海洋的控制，无法再在海上自由航行。 17年后，千早和同伴们在不知不觉中登上了I-401号潜艇，与I-401号的精神模板伊欧娜一起，与迷雾舰队展开了战争。