十六年前，射手座黄金圣斗士艾俄洛斯怀里抱着真正的女神雅典娜转世，逃离了圣域。 途中，他被双子座萨卡和摩羯座瑟拉挡住，受了重伤。 在命运的趋势下，临终的艾俄洛斯将女神托付给了恰好正在喜马拉雅山探险的日本木户财团会长木户光正（大杉怜 配音）。 得知前因后果的光政将女神带回了日本，给她取名沙织，并以孙女的名义抚养长大。 遭遇命运与女神的影响，圣哉（石川快斗 配音）、紫龙（赤羽健二 配音）、冰河（小野健翔 配音）、舜（冈本信彦 配音）等青年男子纷纷陷入困境。 陆续返回日本。 他们已经成长为能够独当一面的圣战士。 与此同时，受教皇命令的刺客纷纷从圣地来到日本，一场可以载入史册的善恶之战开始了……