故事发生在东京八丈岛海岸附近，一个连接世界各地警方监控的高科技太平洋浮标即将启动。 来自世界各地的工程师聚集在这里，以便与欧洲刑警组织管辖的地区建立联系。 基于面部识别的全新黑科技也正在测试中。 与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸。 途中，柯南接到冲谷昴（赤井秀一饰）的电话，得知一名欧洲刑警组织成员在德国被强奸。 酒之死。 柯南潜入太平洋浮标观察现实。 正当工程师们准备系统启动时，突然发生了一起案件！ 一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中含有核心技术的U盘也落入黑暗组织手中！ 这时，水下传来了不明潜艇靠近的声音，令人毛骨悚然，而一道神秘的黑影也在悄悄靠近灰原爱。