漆黑的夜里，一名间谍悄悄潜入日本警察局，窃取了记录各国间谍机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警察和联邦调查局特工赤井秀一（池田秀一配音）立即追捕间谍。最后，逃犯的车从悬崖上掉了下来。次日，柯南（高山南配音）和伙伴们来到东渡水族馆观光，发现了一名受伤的美女（天海玉希配音）。该女子处于失忆状态，手机已损坏无法使用。柯南等人答应帮她恢复评论。说话间，躲在暗处的黑衣组织成员贝尔莫德（小山桃美配音）冷冷地看着这一切。在相处过程中，女人的特殊本领和怪异行为让灰原爱（林原惠美配音）怀疑她的真实身份。刚才在平静的水族馆里沉浸在幸福中的人，本以为随着神秘女子技能的恢复，他们很快就会被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……