在给母亲扫墓回来的路上，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭到了第七使徒的袭击。 关键时刻，二号机势不可挡，击败了对手。 真嗣也结识了2号机的操作员、色见藤香·兰利（宫村优子 配音）。 与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香充满自信，甚至有些自卑。 她和真嗣相处的日子里，彼此闹出了很多笑话。 三人分别驾驶0号机、1号机、2号机，抵挡住了第八使徒的恶毒攻击。 在这个过程中，一种淡淡的感觉在这三个青年男女的心中悄然萌芽。 不久之后，第九、第十使徒陆续到来，真嗣等人面临着生与死的残酷考验……本片是新世纪福音战士新剧场版四部曲的第二部。